DLA-monimuotoisuudesta afgaaneilla

Kirjoitinkin aiemmin jonkunlaista perustavaa yhteenvetoa aiheesta, mutta ajattelin vielä kirjata ajatuksia ja huomioita joita itselleni on virinnyt kun nyt on muutaman afgaanin haplotyypit saatu tietoon.
Tähän mennessä on siis testattu neljä afgaania joista kaksi on keskenään sisaruksia.
Näiden haplotyypit ovat seuraavat:

Koira A
10902 00601 05401 / 11101 00601 02002

Koira B
07401 00101 00201 / 10902 00601 05401

Koira C
02001 00401 01303 | 11101 00601 02002

Koira D
01503 00601 05401 / 01503 00601 05401

Koirat  A ja B ovat sisarukset. 
Väreillä olen merkannut samat haplotyypit.

Neljä koiraa nyt on vielä todella rajoittunut otanta mutta pieneksi määräksi sinänsä kiinnostava koska edustaa kolmea hyvin erillistä sukulinjaa. Näistä nähdään, että kolme koirista on heterotsygootteja (eriperintäisiä) ja yksi koirita (D) on homotsygotti eli samanperintäinen. Sukutaulullisesti tämä ei ole sinänsä yllätys, koira D on erittäin vahvasti linjatusta yhdistelmästä ja muut edustavat ulkosiitoksia, joiden sukusiitosprosentti on 0% vielä neljännessäkin polvessa.Koirien A ja B yhdistelmä on myös siinä mielessä onnistunut, että sisarukset ovat myös keskenään eriperintäisiä. Tämä tarkoittaa että ainakin toinen niiden vanhemmista on itsekin eriperintäinen.

Toisaalta sukutaulun alhainen sukusiitosprosentti ei ole tae geneettisestä monimuotoisuudesta. Otetaan näistä koirista samantien esimerkki.
Esimerkiksi jos koiran C teoreettisesti yhdistäisi koiran A kanssa, pentueen sukusiitosprosentti olisi vielä kuudelta polveltakin ainoastaan 0,26%. (sielää vasta löytyvät ensimmäiset yhteiset sukulaiset). Kahdeksalta polveltakin sukusiitoskerroin on ainoastaan 1,32%. Sukukatoluku on niinkin hyvä kuin 331/510, parhaimpia näkemiäni afgaaneilla. Mutta koska niillä on tuo yksi yhteinen haplotyyppi, niiden pennuista osa saattaisi olla kuitenkin homogeenisiä eli samaperintäisiä! Jos taas koira A yhdistettäisiin sisaruksen, koira B:n kanssa, saataisiin monimuotoisuuden kannalta hyvinkin ideaali yhdistelmä - sukusiitos alhainen, sukukatoa hyvin vähän ja kaikki pennut olisivat lisäksi eriperintäisiä.

Sen sijaan jos samainen koira A teoreettisesti olisi yhdistetty koira D:n kanssa, olisi niiden sukusiitos 8:lta polvelta ollut 5,5% ja sukukato 222/510, mutta kaikki niiden jälkeläiset olisivat silti olleet heterotsygootteja eli eriperintäisiä, huolimatta siitä että koira D itse oli perimältään homogeeninen.

Tämä onkin se juttu. On tietysti aika selvää että jos sukupolvi toisensa jälkeen käyttää jatkuvaa linjasiitosta niin kyllähän perimäkin siinä ennen pitkää homogeenistyy. Mutta sitten taas ulkosiitos joka paperilla on täysin erisukuinen  voikin olla DLA:n osalta homogeeninen, riippuen siitä mitkä sattuvat olemaan vanhempien haplotyypit. Pennut perivät siis vanhemmiltaan kaksi haplotyyppiä, toisen isältä ja toisen emältä. Vanhemman homotsygotia on helppo purkaa seuraavassa polvessa jos käyttää sille sellaista partneria joka on sen kanssa eriperintäinen, ts. jonka haplotyypeistä kumpikaan ei ole sama. 

Paras tilanne on tietysti jos vanhemmat ovat sekä keskenään että itsekseen eriperintäisiä - tuolloin pentuekin on sitten hyvin eriperintäinen ja sisaruksillakin voi olla erilaista annettavaa jälkipolville. Mutta toisaalta edes selkeä maantieteellinen etäisyys populaatiossa ei aina takaa että koirat olisivat taatusti eriperintäisiä tältä osin. Niinkin on ollut, esimerkki salukeista, että tuodaan yksilöllä Intiasta ja toinen yksilö Syyriasta, alkuperäpopulaatioista -  taatusti eri sukuisia - mutta sitten niillä kuitenkin sattumalta on yhteinen toinen haplotyyppi. Salukini Nokin isällä ja sijoistustyttö Sysini emällä on siis esimerkiksi sama yhteinen haplotyyppi, vaikka Barak on Syyriasta ja Gouri Intiasta. Koska Nokin emällä ja Sysin isällä on myöskin yhteinen haplotyyppi, tuo salukeilla yleisimmin esiintyvä, on prosentuaalinen mahdollisuus että Nokilla (vanhemmat molemmat Syyrian tuonteja) ja Sysillä (isä skandinaavi ja emä Intiasta) on keskenään jopa samat haplotyypit, yksi tai molemmat, ja niiden teoreettiset jälkeläiset olisivat homogeenisiä. Toisaalta riippuen sattumasta ja jakautumasta, ne saattavat yhtä hyvin olla keskenään täysin eriperintäiset. (Näiden koirien kohdalla siis tiedetään niiden vanhempien haplotyypit mutta niitä itseään ei ole kartoitettu) Tällaisessa tapauksessa jos miettisin tällaisten koirien yhdistämistä ja tahtoisin vaalia geneettistä variaatiota, todennäköisesti kartoittaisin molempien perimät ennen astutusta.

Muutenkin näen, että DLA-kartoitus, sukusiitos ja sukukatoprosentit ovat sellainen hyvä "kolminaisuus" joita yhdessä tarkastellen voisi pyrkiä pitämään rodun geneettisesti monimuotoisena. Mikään ei ole autuaaksi tekevä itsessään, eikä minkään pidä olla prioriteettilistan ykkösenä jalostusvalintoja tehdessä. Mutta ne ovat hyviä työkaluja muiden ohessa kun työskennellään rodun parhaaksi.

Lisäksi on mainittava kuriositeettina - Koira C on siis oma afgaanini, Scented Allieverwanted. Sen haplotyypeistä toinen on sama, joka on tavattu salukeilla sinä yleisimpänä haplotyyppinä. (Samoin koira B:n toinen haplotyyppi on sama jota on tavattu salukeilla 4:ksi yleisimpänä). Näin ollen koska tuo haplotyyppi on yksi niistä joka myös salukini takaa saattaa mahdollisesti löytyä, on teoriassa mahdollista että sekä tällä afgaanillani että salukillani saattaisi olla sama haplotyyppi toisena. Hauska huomio - Saapa nähdä kun afgaaneja toivottavasti tulevaisuudessa enemmänkin kartoitetaan, löytyykö lisää yhtäläisyyksiä myös roturajojen ulkopuolelle!